（一）办公室。负责机关日常运转，承担机关公文审核、文电、机要、督办、保密、信访、档案、值班、标准化建设、安全保卫和局内应急管理。组织办理人大代表建议和政协提案。负责信息宣传，组织网络舆情监测及应对工作。制定政务公开规章制度并组织实施，负责窗口单位建设等工作。
（二）规划财务和法规科。组织拟订医疗保障工作规划。负责全市医疗保障综合统计工作。负责编制全市医疗保险、生育保险基金预决算草案和年度基金财务报告。承担机关和所属单位预决算、财务、资产管理、内部审计工作，推进医疗保障信息化建设。承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等法律事务工作。
（三）待遇保障科。拟订医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。统筹推进医疗保险、生育保险、医疗救助等多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织拟订长期护理保险制度改革方案并组织实施。负责市本级机关、企事业单位离休人员(含中华人民共和国成立前老工人)医疗费统筹管理工作。
（四）医药服务管理科。拟订全市医保目录支付标准。拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。
（五）医药价格和招标采购科。贯彻落实药品、医用耗材、医疗服务价格政策和管理办法。组织实施医疗服务价格项目规范、一次性医用耗材目录。管理和督导市级公立医疗机构医疗服务价格落实。制定和调整县级公立医疗机构医疗服务价格。依法管理药品、医用耗材、医疗服务价格政策法规执行情况。组织实施药品、医用耗材和医疗服务价格监测信息发布工作。组织药品、医用耗材采购并监督实施。做好招标采购平台建设。
（六）基金监管科。拟订医疗保障基金监督管理办法并组织实施。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为。
（七）机关党委(人事科)。负责机关和所属单位的党群工作。负责机关纪委工作。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、考核奖励、教育培训及队伍建设等工作。负责机关离退休干部工作。
